Africa-Places.com ha enumerado aproximadamente 61 hospitales en Cotonou. Algunos de los hospitalesmejor calificados en Cotonou son- Clínica Adjibade De Saint Martin, Área hospitalaria De Mènontin, Clínica Mahouna, Hospital De Zone Suru Lere, Hospital de entrenamiento del ejército de Cotonú, Vista clínica, Clinical De L'Union Vodje Cotonou, Hospital Materno Infantil de la Laguna de Cotonou, Policlínico Atinkanmey & Centro de salud Anastasis.