Africa-Places.com ha enumerado aproximadamente 12 universidades en Cotonou. Algunos de los universidadesmejor calificados en Cotonou son- Instituto Universitario "Les Cours Sonou", UNIVERSIDAD DE FORMACIÓN ESPAM, UNIVERSIDAD ISCG BENIN, ESGT BENIN, ESEP EL PASTOR, Campus Cotonou de la Universidad ESCAE-Benin, UNIVERSIDAD LA HEGJ BENIN, Universidad Africana de Benin campus de Akpakpa, Escuela Africana de Economía & Escuela de Posgrado en Administración (ESM).